تعثّرت الوحدة من البداية؛ لعدم وجود ضوابط إدارية تخطيطية، بَدءًا من اقتسام الوظيفة بين شريكَي الوحدة، ليس على أساس الكفاءة والخبرة والنزاهة، وأهملت الخبرات الوطنية بما فيها النساء اللائي هُمّشن، وخاصة الجنوبيات صاحبات الخبرة والمشاركة والكثافة، والأثر السلبي الناجم والحاجب عن تواجدها بنتائج كارثة 13 يناير 1986.
اتّجه شريكا الوحدة في الحزبين الحاكمين لرعاية مصالحهما، وتوزيع الوظائف والمداخيل على المحاسيب السياسيين والمناطقيين، فغاب الاهتمام ببناء الدولة الوليدة. غرق الجميع في الفساد، ولم يقف الأمر عند الاستئثار بالوظيفة والمداخيل، بل تجاوزها إلى تملك مؤسسات الدولة، والاستيلاء على الوحدات الاقتصادية (مصانع، معامل) وعلى أراضي الدولة ومزارعها في مناطق الجنوب وتهامة، بذرائع شتى، منها الخصخصة.
قادَ هذا الوضع إلى خللٍ كبير، وأنتج أزمات متلاحقة، أفضت إلى حرب 1994 وما خلفته من أثر لم يُعالج طيلة السنوات التالية، فأدّت تراكماته إلى بروز حالة التشظي السياسي وتهتك النسيج المجتمعي وتفشي الكراهية، فصار خطاب الانفصال منفلتًا.
